煤矿有（ ），负责煤矿有关证照颁发的部门应当责令该煤矿立即停止生产，提请县级以上地方人民政府予以关闭，并可以向上一级地方人民政府报告。

这是一道关于煤矿安全生产管理的问题，我们需要根据题目描述和煤矿安全管理的相关规定来判断哪个选项是正确的。

首先，理解题目背景：煤矿在某些特定情况下，负责煤矿有关证照颁发的部门有权责令其立即停止生产，并提请县级以上地方人民政府予以关闭。

接下来，分析各个选项：

A选项（责令停产整顿后擅自进行生产的；无视政府安全监管，拒不进行整顿或者停而不整、明停暗采的）：这个选项明确指出了煤矿在受到责令停产整顿后，仍然擅自生产或拒不整顿的行为，这是严重违反安全生产规定的行为，因此符合题目中“应当责令该煤矿立即停止生产，提请县级以上地方人民政府予以关闭”的条件。
B选项（存在重大隐患，仍然进行生产的）：虽然存在重大隐患仍然生产是严重的安全隐患，但题目中强调的是在受到特定处罚（责令停产整顿）后的进一步违规行为，而此选项未提及这一前提，因此不是最佳答案。
C选项（特种作业人员未取得资格证书上岗作业的）：这个选项指出了特种作业人员无证上岗的问题，虽然这也是安全隐患，但同样未涉及“责令停产整顿后”的进一步违规行为，因此不符合题目要求。

综上所述，A选项最符合题目描述的条件，即在受到责令停产整顿的处罚后，煤矿仍然擅自生产或拒不整顿，这是严重违反安全生产规定的行为，应当受到更严厉的处罚，即立即停止生产并被提请关闭。

因此，答案是A。