煤矿安全监察机构发现煤矿有（ ），应当责令限期改正。

这是一道关于煤矿安全监察的问题，我们需要根据煤矿安全的相关规定来判断哪个选项是正确的。

首先，理解题目中的关键信息：煤矿安全监察机构在何种情况下会责令煤矿限期改正。这通常涉及到煤矿作业的安全标准、人员培训、隐患排查等方面。

接下来，分析各个选项：

A选项（停产整顿验收不合格的）：如果煤矿已经停产整顿且验收不合格，这通常意味着存在严重的安全问题，可能需要更严厉的处罚措施，而不仅仅是限期改正。因此，A选项不符合题目中“责令限期改正”的情境。
B选项（分配职工上岗作业前，未进行安全教育、培训的）：根据安全生产法规，员工在上岗前必须接受必要的安全教育和培训。如果煤矿未进行这一步骤，就分配职工上岗作业，这显然违反了安全规定。因此，煤矿安全监察机构有权责令其限期改正。B选项符合题意。
C选项（未建立健全安全生产隐患排查、治理制度，未定期排查和报告重大隐患，逾期未改正的）：这个选项描述了一种已经违反规定且逾期未改正的情况。在这种情况下，通常会采取更严厉的处罚措施，而不仅仅是限期改正。因此，C选项不符合题目要求。

综上所述，B选项（分配职工上岗作业前，未进行安全教育、培训的）是正确答案，因为它直接关联到员工上岗前的安全教育和培训这一关键安全环节，且符合“责令限期改正”的处罚措施。