警用无人驾驶航空器更换机体整体结构、导致外观尺寸或飞行性能改变的，应当进行变更登记，身份识别编码保持不变，由（ ）重新制发警用无人驾驶航空器适航证书，并上报备案。

**解析：** 根据《警用无人驾驶航空器管理规定》及相关警用航空器管理法规的要求，警用无人驾驶航空器的管理实行分级负责制度。 1. **变更情形判定**：当警用无人驾驶航空器更换机体整体结构，导致外观尺寸或飞行性能发生改变时，属于重大变更。虽然其身份识别编码（即“身份证号”）保持不变，但其适航状态发生了实质性变化，因此必须进行变更登记并重新评估其适航性。 2. **职权划分**： * **县级、地（市）级公安机关**：通常负责日常的使用管理、维护保养及初步审核，不具备重新制发适航证书的权限。 * **公安部警用航空管理办公室**：主要负责全国警用航空器的宏观管理、政策制定及监督指导，一般不直接处理具体单机的适航证书重发事务（除非是极特殊的国家级重点项目或进口审批等，常规变更由省级负责）。 * **省级公安机关**：是警用无人驾驶航空器登记管理和适航认证的主要责任主体。对于涉及结构改变、性能变化的重大变更，由省级公安机关相关部门进行审核，确认符合安全标准后，重新制发《警用无人驾驶航空器适航证书》，并按规定向公安部警用航空管理办公室上报备案。 因此，该空应填入**省级公安机关**。 故正确答案为：**A**