实施有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等事项的行政许可的，行政机关应当通过（ ）等公平竞争的方式作出决定。

**解析：** 本题考查《中华人民共和国行政许可法》中关于特定事项行政许可实施程序的规定。 根据**《中华人民共和国行政许可法》第五十三条**第一款规定：“实施本法第十二条第二项所列事项的行政许可的，行政机关应当通过**招标、拍卖**等公平竞争的方式作出决定。但是，法律、行政法规另有规定的，依照其规定。” 其中，《行政许可法》第十二条第二项所列事项即为：“有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项”。 * **A项 协商**：协商通常不具备公开性和竞争性，不符合“公平竞争”的要求，故排除。 * **B项 招标** 和 **C项 拍卖**：虽然招标和拍卖都是公平竞争的方式，但法律条文原文是将二者并列提出的，即行政机关可以根据具体情况选择招标或拍卖等方式。单独选B或C均不完整。 * **D项 招标、拍卖**：完整涵盖了法律规定的通过公平竞争方式作出决定的主要途径，符合法条原文表述。 因此，正确答案为 **D**。