航空器在飞行中，若需改变高度层时，通常情况下机长应（ ）。

**解析：** 在航空飞行中，空中交通管制（ATC）的核心目的是防止航空器之间以及航空器与障碍物之间的碰撞，并加速和维持有秩序的空中交通流动。高度层是垂直间隔的重要标准，随意改变高度层极易引发飞行冲突或事故。 1. **排除选项 A**：“决定后立即改变”严重违反飞行安全规定。机长虽然对航空器拥有最终处置权，但在非紧急避险情况下，必须严格遵守空中交通管制指令，不得擅自改变飞行状态，否则会造成空域秩序混乱甚至危险接近。 2. **排除选项 B**：虽然空军管制部门在特定空域或特定情况下拥有管辖权，但通常情况下，民用航空器或通用航空器的日常飞行管制由民航空中交通管理部门负责。此外，“主动与空军管制部门联系”表述过于片面且不准确，正常的程序是向当前提供服务的管制单位（可能是区域管制、进近管制或塔台等）申请。 3. **确认选项 C**：根据《中华人民共和国飞行基本规则》及国际民航组织（ICAO）的相关规定，航空器在飞行中需要改变高度层时，必须向有关空中交通管制部门提出申请，**经许可后方可改变**。这是确保空域内所有航空器保持安全间隔的标准操作程序。 因此，正确答案是 **C**。