流通中的E版日元纸币按面额可分为_____。（ ）

**解析：** 本题考查的是日本银行发行的E版日元纸币的面额种类。 1. **背景知识**： * 日本目前的流通纸币主要经历了D版（1984年发行）和E版（2004年11月1日发行）两个主要版本。 * **E版日元纸币**是日本银行在2004年推出的新版纸币，旨在提高防伪性能。 2. **选项分析**： * **A项（1000日元）**：E版中包含1000日元纸币，正面印有野口英世肖像。故A项正确。 * **B项（2000日元）**：2000日元纸币属于**D版**系列的特殊纪念纸币（为纪念2000年冲绳峰会及千禧年发行），虽然目前仍在流通且具备法定货币效力，但它**不属于E版**纸币系列。E版系列并没有发行2000日元面额。故B项错误。 * **C项（5000日元）**：E版中包含5000日元纸币，正面印有樋口一叶肖像。故C项正确。 * **D项（10000日元）**：E版中包含10000日元纸币，正面印有福泽谕吉肖像。故D项正确。 3. **结论**： 流通中的E版日元纸币面额包括1000日元、5000日元和10000日元三种。 因此，正确答案为 **ACD**。